機械の体になって永遠の命を手に入れるため、人間狩りで殺された母の仇を討つため、謎の美女メーテルから999号のパスをもらい、一緒に旅立った星野鉄郎。要塞時間城へ辿り着き、母を殺した機械伯爵への復讐を遂げた。鉄郎は、様々な出会い、生身の人間や機械化人たちとの触れ合いによって、限りある生命の美しさに気づき、機械の体をタダでくれるという星を破壊してしまいたいと、新たな想いを抱く。旅を続ける鉄郎を終着駅・惑星大アンドロメダで待っていたのは、機械帝国の女王であり、クイーン・エメラルダスとメーテルの母であるプロメシュームだった―。
メカニック
銀河超特急999号
大宇宙を走るSL型宇宙列車で、地球メガロポリスと惑星大アンドロメダを結ぶ。途中、様々な星に停車する。
アルカディア号（わが青春のアルカディア号）
宇宙海賊キャプテン・ハーロックと40人のクルーが乗る宇宙船。広い宇宙の海を自由に駆けている。アルカディア号の伝説のメカニックが大山トチロー。
クイーン・エメラルダス号
超メカを積載した女海賊エメラルダスの動く要塞。
その他用語
機械化人（きかいかじん）
機械伯爵、リューズ、シャドウ、クレアらが属する。ロボットでもアンドロイドでもない。体は機械だが脳は人間自身のものを使用。
コスモドラグーン
またの名を『戦士の銃』。機械化人を一撃で倒せる宇宙最強クラスの銃。開発者はトチロー。全宇宙に４丁だけ存在し、スイッチ入れると波動が発生する。エメラルダスとハーロックも所有し、その波動と波動が感知し合う。
重力サーベル（じゅうりょくさーべる）
エメラルダスとハーロックが腰に下げているサーベル。通常は剣として使用されるが、その先端からはレーザーを発射することができる。
時間城（じかんじょう）
機械伯爵とリューズの居城。巨大なタイムマシンであり、時間の流れの中を自在に移動可能。誰にも所在がつかめなかったが、エメラルダスやトチローが何らかの手段で位置を特定した。
タイムコントロールルーム
時間城の心臓部。
999号の停車駅や地域
惑星ラーメタル
1000年周期で太陽系を巡る惑星で、メーテル、エメラルダスらの出身星。プロメシュームはこの星の女王だった。
イルミダス
科学力と武力に優れ、星々を侵略する軍事惑星国家。
機械帝国（きかいていこく）
機械化計画を推進し、女王プロメシュームが建国した大帝国。
惑星大アンドロメダ
機械の体をタダで手に入れられる惑星で999号の終着駅。機械帝国の大母星。
ヘビーメルダー
宇宙を旅する者が必ず一度は通り過ぎる場所。鉄郎は、この場所で、ついにトチローと出会う。交易の要所で、空間鉄道の大分岐点が置かれている。この惑星を境に銀河系側を管理局本部、アンドロメダ側をアンドロメダ管理局が空間鉄道の管理を行う。
